Art. 49. As autoridades competentes das Instâncias Intermediárias e Locais, ao controlar o trânsito agropecuário, verificarão o cumprimento das obrigações definidas neste Regulamento e nos demais atos normativos pertinentes.
§ 1º A autoridade competente das Instâncias Intermediárias organizará sua atuação e a das Instâncias Locais, com base nos planos plurianuais elaborados nos termos deste Regulamento e com base na categorização ou classificação de riscos.
§ 2º Os controles abrangerão todos os aspectos da legislação sanitária para animais, vegetais, insumos, inclusive alimentos para animais, e produtos de origem animal e vegetal.
§ 3º Os controles serão realizados em todas as rotas de trânsito de vegetais, animais, seus produtos e quaisquer outros produtos, mercadorias, equipamentos e implementos agrícolas que possam atuar como vetor ou veículo de disseminação de praga ou doença.
§ 4º Os servidores públicos das Instâncias Intermediárias, observando as exigências previstas no § 6o do art. 9o deste Regulamento, serão autoridades competentes para fiscalizar o trânsito de vegetais, animais, seus produtos e quaisquer outros produtos ou mercadorias, equipamentos e implementos agrícolas que possam atuar como vetor ou veículo de disseminação de praga ou doença, na circulação entre as unidades da Federação.