Art. 2º São objetivos do ProAqui:
I o fortalecimento institucional da política aquícola e a desburocratização da atividade de aquicultura;
II a estruturação, a organização e o desenvolvimento das cadeias produtivas da aquicultura;
III a inclusão socioprodutiva dos agentes envolvidos no setor; e
IV a promoção do crescimento sustentável da capacidade produtiva da aquicultura.